Le fonds de la préfecture est complémentaire de celui de l'inspection d'académie pour une étude de l'instruction publique dans le département car de nombreuses affaires sont validées ou passent par les services préfectoraux. Cependant, si le fonds de l'inspection d'académie concerne surtout l'enseignement primaire, le fonds de la préfecture apporte une vue plus large sur tous les degrés de l'enseignement (primaire, secondaire, technique, agricole).
On trouve les principales catégories de documents suivantes :
- Instruction et affaires générales concernant tous les ordres d'enseignement
- Enseignement primaire et primaire supérieur : enquêtes et statistiques scolaires (notamment l'enquête de 1865), conseil départemental de l'instruction publique, conseil académique, comité départemental des constructions scolaires, délégations cantonales, commissions d'examens, dépenses de l'instruction publique, subventions départementales, carte scolaire, créations d'écoles, affaires concernant le personnel (créations et transformations de postes, congés, secours, plaintes, pensions de retraites), mouvements des instituteurs, caisse des écoles, accidents scolaires, inspection médicale des écoles, cous d'adultes, bibliothèques scolaires et matériel d'enseignement, congés et vacances, écoles maternelles, écoles normales, gratuité des écoles et rétribution scolaire, enseignement congréganiste, laïcisation, pupilles de la Nation...)
- Enseignement secondaire (collège chappuisien et lycées d'Annecy, collèges, bourses d'enseignement, comptabilité des internats, etc.)
- Enseignement technique (instructions, dossiers sur différentes écoles nationales dont l'école d'horlogerie de Cluses, sur l'enseignement et les écoles professionnelles)
- Enseignement agricole (instructions et dossiers généraux sur l'enseignement agricole, école d'industrie laitière de la Roche-sur-Foron, école d'agriculture de Contamine-sur-Arve).