Le classement a été réalisé en 5 phases par des archivistes contractuels successifs engagés entre 2018 et 2022 grâce à une somme allouée chaque année par le Conseil Savoie-Mont-Blanc (C.S.M.B.) pour le classement des fonds d'archives d'architectes de Haute-Savoie et Savoie.
La première étape du classement a constitué en un déballage systématique des « paquets », avec reconditionnement provisoire, report du numéro et pointage comparatif avec la liste dactylographiée.
Un certain nombre de liasses a été d'emblée écarté, contenant des documents de gestion familiale privée. L'agence et le logement personnel de Robert Cottard étant localisés au même endroit dans l'immeuble des Trésums à Annecy, les archives se sont entassées dans la cave et succédé dans la liste sans distinction papiers privés/papiers professionnels.
Il a été ensuite constaté que la liste dactylographiée n'était pas totalement fiable : des numéros annoncés comme détruits ne l'étaient pas, d'autres présentés comme existants n'avaient pas de liasse correspondante. De plus, Robert Cottard ayant fréquemment mené des projets sur plusieurs années avec des extensions, modernisations ou restructurations, il a fallu attendre le dépouillement de toutes les liasses pour pouvoir disposer d'une liste exhaustive des réalisations et reclasser de nombreux documents qui avaient été sortis de leur dossier d'origine lors de reprises ultérieures, sans être remis à leur place en fin de chantier.
Après un balayage intégral de tous les dossiers, une ébauche de plan de classement a ainsi pu être réalisée, par pays, département puis ordre chronologique.
L'étape suivante a porté sur les tubes de plans roulés. Ils ont été intégralement déroulés, identifiés et datés chaque fois que cela était possible, afin d'être associés aux projets déjà répertoriés puis raccordés au plan de classement. Il est apparu que certains dossiers n'avaient pas de tubes correspondants et inversement, le second cas présentant plus de difficulté pour identifier les réalisations, les localiser, les dater et trouver leur commanditaire.
Comme pour les dossiers, les plans roulés avaient souffert de désordre avec des ponctions dans des tubes anciens à l'occasion de reprises de chantiers, occasionnant des mélanges de plans de plusieurs tranches de travaux. Les archivistes ont là aussi tâché de restituer une cohérence chronologique aux documents quand cela était possible.
La dernière phase s'est attachée à harmoniser l'ensemble des descriptions et affiner le plan de classement, en particulier pour les projets de grande ampleur en plusieurs tranches pas toujours faciles à distinguer. Les dossiers de concours, projets et réalisations sont classés par pays, départements, puis par ordre chronologique.
Pour les dossiers qui contiennent des plans plus anciens que le travail de Robert Cottard, il a été choisi de tenir compte des dates des documents relevant de l'intervention de l'architecte, et non pas de ces documents datés du début du XXe siècle ou du XIXe siècle pour certains d'entre eux.
