À l'occasion de la mort de François Mugnier, la Société savoisienne d'histoire et d'archéologie dont il était membre fondateur et président, publia une notice nécrologique détaillée avec un portrait et une bibliographie (médiocre) dans le tome XLIII de ses Mémoires et Documents, paru en 1905.
La plupart des travaux de Mugnier ont paru dans la même série. On trouvera la liste des principaux titres dans le Sommaire des principales études contenues dans les Mémoires de la Société savoisienne... qui accompagne chaque volume. Le dernier titre (posthume) de Mugnier se trouve dans le tome XLIII (1905). Il s'agit de la deuxième partie de la correspondance du président Favre.
En ce qui concerne les publications mineures, qui ne sont pas sans intérêt, il faut se reporter à M. Marie-Girod, Répertoire de la première série des travaux de la Société savoisienne d'histoire et d'archéologie du tome I au tome XXV 1885-1886 (Chambéry 1890), pages 395-399 (malgré son titre, ce répertoire recense en fait tous les travaux de F. Mugnier antérieurs à 1890). On verra aussi Ch. Marteaux, Tables de la Revue savoisienne 1851 à 1900 (Annecy, 1903), p. 60.
En outre, une centaine de brèves notices parues en principe dans les tomes XXIX à LXI des Mémoires... (en fait certaines sont antérieures) ont été réimprimées en un volume Petites notices historiques sur la Savoie (Chambéry, 1902).
Rappelons ici les ouvrages les plus considérables (nous avons marqué d'une astérisque ceux qui ont été publiés par la Société savoisienne même s'ils ont paru par ailleurs chez Champion ou chez Ménard).
* Saint François de Sales, docteur en droit, avocat, sénateur. Sa correspondance inédite avec les frères Claude et Philippe de Quoëx, Chambéry, Ménard, 1885, 164 p.
* Histoire documentaire de l'abbaye de Sainte Catherine (près d'Annecy). L'abbaye de Bonlieu (appendice), Chambéry, Ménard, 1886.
* Le théâtre en Savoie, Paris, 1887, 304 p.
Les évêques de Genève-Annecy depuis la Réforme (1535-1879). 2e édition, revue et augmentée avec 10 portraits à l'eau-forte par Ch. Coppier, Paris, Champion, 1888, 360 p.
* "Les Savoyards en Angleterre au XlIIe siècle et Pierre d'Aigueblanche, évêque d'Herreford", dans Mémoires et Documents de la Société savoisienne d'histoire et d'archéologie, t. XXIX, 1890, pp. 155-476.
* Guy de Feysigny et Jacques de Montmayeur, épisode historique du 15ème siècle (avec une planche de blasons), Paris, Champion, Chambéry, Ménard, 1895, 429 p.
* État civil de Rumilly-l'Albanais 1607-1793, d'Annecy 1573-1640, Paris, Champion, 1899, 178 p.
* Fait et guerre de l'empereur Charles Quint dans la guerre d'Allemagne 1546-1547, Paris, Champion, 1902, 142 p.
Généalogie de la famille de Montfort en Genevois et en Franche-Comté et de la famille de Conzié, Paris, Champion, 1893, 224 p., pl.
Jehan de Boyssonné et le parlement français de Chambéry, Paris, Champion, Chambéry, Ménard, 1898, 508 p.
* Histoire du président Favre 1577-1624, Paris, Champion, 1902, 1903, 540 p.
