L'école mixte de Bonnatrait est créée en janvier 1884. Elle occupe une maison particulière louée par la mairie (Monographie de l'instituteur, F 241).

En 1938, l'école compte 30 élèves (2059 W 93).

Incendiée par les Allemands en 1944, l'école de Bonnatrait est reconstruite dès 1946 (rapport annuel 1967 de l'instituteur figurant dans le registre d'appel journalier 1966-1967).

En 1990, l'école ferme ses portes.