4 - Le XIXe siècle
Le 26 septembre 1792 les troupes françaises entrent en Savoie.

Les religieuses de la Visitation d’Annecy évacuent leur monastère le 21 mars 1793 et sont même contraintes de placer, par sécurité, les corps des deux saints à Chateauvieux pendant quelques semaines, à Duingt, propriété de la famille de Sales, qui offre au milieu du lac une protection et un abordage aisé pour le bateau qui transporte les reliques.

De retour à Annecy, elles sont à nouveau déposées dans l’église de la Visitation, puis dans l’église Saint-Pierre. Comme de nouveaux dangers semblent poindre, 4 citoyens annéciens substituent deux squelettes aux corps des deux saints, afin d’emporter ces derniers en sécurité.

C’est finalement en 1806 que les reliques sont rendues à la vénération publique : le 28 mai se déroule la translation des reliques de saint François à l’église Saint-Pierre et le lendemain, celles de Jeanne à l’église Saint-Maurice.

En 1826, la nouvelle église de la Visitation, achevée et consacrée, peut accueillir les reliques des deux saints. Une procession à la gloire de saint François se déroule le 21 août 1826, tandis que le 23 août une solennité presque identique a lieu en l’honneur des reliques de sainte Jeanne.

Les deux fondateurs de la Visitation sont donc à nouveau réunis de 1826 à 1911 : une châsse, élevée en arrière du maître autel renferme les reliques du saint, tandis qu’au sud, la chapelle de sainte Jeanne contient la châsse de la sainte.

A la fin du XIXe siècle, lors des centenaires respectifs des béatifications et canonisations des deux saints se déploient des fêtes grandioses, où les reliques sont au cœur des cultes rendus à François de Sales et à Jeanne de Chantal. Elles font aussi l’objet d’une visite du couple impérial à Annecy durant l’été 1860 ou encore lors des fêtes du doctorat de François (16 novembre 1877) qui se déroulent à Annecy du 20 au 22 août 1878.

Durant toutes ces fêtes, comme sous l’Ancien Régime, l’affluence des pèlerins justifie des mesures particulières pour assurer l’ordre et la surveillance.